Site.yamlの設定について

具体的にどんな位置付けねのかは表現しにくいのですが、サイトの諸設定等を行うファイルという感じですかね。

description

サイトディスクリプションの記述に相当する設定です。
HTML上だと以下の記述に該当しますのでSEOや検索エンジンからの見え方を気にする場合は書きましょう。

<meta name=description content="Portfolio and personal blog of Tack.">

customMenus

カスタムメニューを個別に設定したい場合はここに記述します。

name

カスタムメニューに表示される文字列の設定

url

参照するURLを記述します。

hideFromNavbar

ナビゲーションバーに表示するか否かを設定できます。

true=非表示

false=表示

showOnFooter

フッターに表示するか否かを設定できます。

true=表示

false=非表示

disclaimer

免責事項の記述をできます。
長くなってしまうなら専用ページ作ってリンクで飛ばしてしまう方がいいかもですね。